La historia del Municipio de Santa Cruz del Comercio viene marcada por su situación geográfica y sus condiciones de tierra fértil con abundante agua, fue poblada por los romanos, con posterioridad alcanzó su principal desarrollo durante la dominación islámica a partir del siglo VIII, aunque sólo era entonces una alquería. En 1492 los Reyes Católicos conquistaron el Reino de Granada, por lo que Santa Cruz pasó a manos cristianas. Tras la rebelión de 1568, los moriscos fueron expulsados del municipio y sus tierras fueron a parar al priorato de Calatrava y más tarde a la Hermandad de las Ánimas de la capital. El topónimo de ‘Santa Cruz’ probablemente tenga su origen en la de Calatrava, a cuya orden militar le fueron adjudicadas las tierras que poseían los moriscos en esta jurisdicción antes de ser expulsados.
El hecho histórico más relevante de esta localidad ocurrió casi al final del siglo XIX, concretamente en 1.884, y fue la destrucción del pueblo por el terremoto que aconteció el día 25 de Diciembre de 1.884. Eran las 21:08 horas del día de Navidad, cuando un gran temblor, sacudió toda la comarca de Alhama de Granada así como el resto de Andalucía. En Santa Cruz se cobró alrededor de 15 victimas mortales y otras 42 heridas de una población de 708 habitantes según el censo de 1.860. De 233 viviendas que tenía el término municipal, se destruyeron 162 y fueron dañadas otras 44.
El 21 de octubre de 1887 se inaugura el nuevo pueblo gracias a la solidaridad y a las ayudas recibidas de la Unión Mercantil de Comerciantes de Madrid, provocando que cambiase su nombre de Santa Cruz de Alhama al actual, “Santa Cruz del Comercio”.